Lý Phụ Quốc ỷ thế có công lập Đại Tông lên ngôi, nên cậy thế lộng quyền, tuyên bố trước nhà vua

Đại gia (chỉ Đại Tông) chỉ nên nhàn cư trong cấm cung. Ngoại vụ cứ để cho lão nô xử quyết.[13]

Đại Tông trong lòng bất bình, nhưng ngoài mặt không thể hiện ra, vẫn tôn Phụ Quốc là Thượng phụ, kiêng không gọi thẳng tên. Còn tấn phong Phụ Quốc là Tư không (một trong Tam công), và Trung thư lệnh, chức quan tể tướng bậc nhất, quản trị Trung thư tỉnh. Quyền chỉ huy quân đội của ông được giao bớt cho Trình Nguyên Chấn. Phụ Quốc lại tìm cách trù dập, giáng chức Tiêu Hoa để trả thù xưa.

Trong khi đó, Lý Phụ Quốc không hề hay biết rằng cả nhà vua và Trình Nguyên Chấn đều muốn loại bỏ mình để thâu tóm quyền hành. Mùa hạ năm 762, theo lời Nguyên Chấn, Đại Tông cách chức ước bớt quyền lực của Lý Phụ Quốc, bỏ chức Hành quân tư mã, Binh bộ thượng thư và ép ra ở phủ đệ bên ngoài. Phụ Quốc lo sợ, dâng biểu từ chức lên triều đình, Đại Tông không thèm từ chối, bãi chức Trung thư lệnh của Phụ Quốc, nhưng sau phong làm Bác Lục vương.

Vì Phụ Quốc có công giết Trương hoàng hậu, ủng hộ mình lên ngôi nên Đại Tông không tiện công khai giết ông. Thay vào đó ngày 8 tháng 11 năm 762,[12] có thích khách đột nhập vào phủ Lý Phụ Quốc, chém chết Phụ Quốc rồi mang theo thủ cấp cùng một cánh tay của ông rồi trốn mất[13]. Đại Tông cho điều tra trong một thời gian ngắn rồi nhanh chóng cho kết thúc, do đó có tin đồn thích khách giết Lý Phụ Quốc làm theo lệnh của Đại Tông[13]. Đại Tông cho tổ chức lễ tang linh đình, chạm một cái đầu và cánh tay bằng gỗ đàn hương để lắp vô cái xác của Phụ Quốc, song lại ban cho tên thụy mỉa mai là Xú (nghĩa là "lạm quyền, xấu xa").[14]